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雙(叔丁基二甲基硅基)-反式-鈣泊三醇分子中含有兩個叔丁基二甲基硅基（TBDMS）基團，這兩個硅基通過硅氧鍵與分子的其他部分相連。硅基保護基團的存在增加了分子的空間位阻，對分子中受保護的羥基等官能團起到了良好的保護作用，使其在復雜的化學反應環境中能夠保持相對穩定，避免不必要的副反應發生。
雙(叔丁基二甲基硅基)-反式-鈣泊三醇具有反式結構，這種構型使得分子在空間上具有特定的取向和形狀，與順式異構體相比，反式構型通常具有更好的熱力學穩定性，并且在與生物靶點或其他化學物質相互作用時，能夠呈現出獨特的立體化學效應，影響其生物活性和化學反應性。
基于維生素 D3 的基本骨架結構，保留了維生素 D3 的甾體母核和側鏈的基本框架，這使得雙 (叔丁基二甲基硅基)- 反式 - 鈣泊三醇具有與維生素 D3 類化合物相似的一些化學性質和生物活性潛力，是其能夠作為鈣泊三醇合成中間體以及具有潛在生物活性的結構基礎。